Справочное руководство по MySQL. :: 7.6.7 Ограничения таблиц BDB

Таблицы BDB хранятся в файле .db, который находится в том же каталоге, где был создан (это сделано для того, чтобы была возможность обнаруживать блокировки в многопользовательской среде с поддержкой символических ссылок).

Но вследствие этого таблицы BDB нельзя перемещать между каталогами!

При создании резервных копий таблиц BDB необходимо использовать mysqldump или создать резервные копии всех файлов table_name.db и файлов журналов BDB. Файлы журналов BDB - это файлы в базовом каталоге донных с именами log.XXXXXX (6 цифр). Обработчик таблицы BDB хранит незавершенные транзакции в файлах журналов; их наличие требуется при запуске mysqld.